Il territorio di Bagolino, situato nella valle del fiume Caffaro, si trova al limite settentrionale della Val Sabbia.
Il comune, comprende i due centri di Bagolino, sede Comunale, e di Ponte Caffaro, oltre ai centri minori di Val Dorizzo e di Cerreto.

La valle sbocca sul piano di Oneda dove il torrente omonimo, nelle vicinanze di Ponte Caffaro, confluisce nel Chiese poco prima del lago d'Idro; risalendo, attraversa un ambiente alpino di notevole importanza faunistica e flogistica, tra ampie pinete e pascoli, giunge fino ai due passi alpini di Giogo del Maniva (1664m), che lo unisce alla Val Trompia, ed al passo di Crocedomini (1985 m), in comunicazione con la Valle Canonica.

Bagolino appare come il centro più importante: vicino alle risorse consuete legate ad un'economia agricolo-montana, ha sviluppato notevoli attività artigianali soprattutto nel settore dello sfruttamento del legname; ha saputo valorizzare il proprio patrimonio ambientale sviluppando le strutture dedite al turismo invernale ed estivo. Ponte Caffaro situato sulla piana che circonda a nord il lago d'Idro, è una frazione in continuo sviluppo sia artigianale che turistico.